應用最多的微波萃取裝置有多模腔體式和單模聚焦式兩種，工作頻率均為2450MHz,微波萃取設備的主要部件是特殊制造的微波加熱裝置、萃取容器和根據不同要求配備的控壓、控溫裝置，對于密閉式微波萃取系統最少應具有控壓裝置，有控溫和揮發性溶劑監測附件最好。
多模腔體式微波萃取系統的優點是一次可制備多個樣品，易于控制萃取條件，萃取快速。
單模聚焦式微波萃取裝置可不用控壓和控溫，制樣量大，但不足之處是一次僅可制備一個樣品，萃取時間較長。它類似于傳統的Soxhlet提取，只是加熱所用能源為微波，萃取時間是多模腔體式微波方法的5一10倍。
常規的微波萃取儀萃取方法是把極性溶劑(如丙酮)或極性溶劑和非極性溶劑混合物(如丙酮十正己烷，或甲醇+乙酸等)，與被萃取樣品混合，裝人微波制樣容器(一般為PF人杯—一種具有優良的抗化學腐蝕性和耐高溫的特種紙塑料制品)中，在密閉狀態下，放人徽波制樣系統中加熱。根據被萃取組分的要求，控制萃取壓力或沮度和時間;加熱結束時，把樣品過濾，濾液直接進行側定，或作相應處理后進行測定。一般情況下，微波萃取加熱時間約5一10min。萃取溶劑和樣品總體積不超過制樣杯體積的1/3。
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